滋賀縣被鈴鹿山脈、伊吹山、比叡山等山所包圍，在縣中部有琵琶湖。琵琶湖周邊為近江盆地。縣全域為內陸性氣候，但是湖北、湖西地區為日本海側氣候，冬天多雪。在1981年余呉町（現在的長濱市）中河內積雪量6米55分米為最高記錄。
琵琶湖周邊為琵琶湖國定公園的範圍，縣東部鈴鹿山脈為鈴鹿國定公園的範圍。琵琶湖國定公園是日本第一個國定公園。